Sam, Alex en Clover besluiten te gaan samenwonen in hun droomhuis. Het leven zou niet toffer kunnen zijn tot ze erachter komen dat ze hun huis per ongeluk boven een ondergronds centrum van de geheime dienst hebben geplaatst. Om een catastrofaal probleem met hun beveiliging te voorkomen besluit Jerry, de baas van het centrum, hun in dienst te nemen.

Totally Spies! 3: Superspionnen is een snelle actie-platformgame die gebaseerd is op de tekenfilmserie Totally Spies! Het spel draait om vijf nieuwe missies en een subplot dat om het dagelijkse leven van de spionnen draait.