Totally Spies 2!: Undercover is gebaseerd op vijf afleveringen van de serie, die onder dezelfde naam ook op DVD zijn verschenen. In Totally Spies 2!: Undercover kun je in je eentje spelen als Sam, Clover en Alex. Soms zul je echter met deze drie dames als een team moeten samenwerken.

Totally Spies! 2: Undercover wisselt actie af met puzzelen, racen, sluipen, computers hacken en meer. Je zult veel bekende elementen uit de tekenfilmserie tegenkomen zoals gadgets, schurken en andere karakters.