Vier handen op een schild. Zo luidde eens het credo van vier dappere, groene helden levend in de riolen van New York. Raphael, Donatello en Michelangelo verliezen echter langzaam maar zeker het geloof in hun ninjavaardigheden.

Het is aan hun grote broer Leonardo en meester Splinter om het eliteteam van schilpadden op tijd te herenigen en de stad van de ondergang te behoeden.