De ooit gerespecteerde geheim agent Sam Fisher, verlaat Third Echelon na de dood van zijn dochter. Niet lang daarna duikt hij op in het gezelschap van terroristen. Is dit een wraakaktie van Sam tegen de overheid?

Tot overmaat van ramp wordt Fisher's oude baas vermoord aangetroffen. Fisher heeft een hoop uit te leggen en wordt hardhandig ter verhoor gebracht naar het NSA hoofdkwartier. Fisher's rapporten blijken te zijn vervalst zodat hij overkomt als onstabiel, gewelddadig en als een verrader. Het is duidelijk dat iemand Fisher zwart wil maken, Maar wie?