Third-person shooter Red Faction: Armageddon speelt een halve eeuw nadat het Red Faction-verzet Mars heeft bevrijd. De rode planeet is wederom een slagveld en kolonisten vechten om te overleven in mijnen, nadat het oppervlak onbewoonbaar is gemaakt.

Darius Mason, kleinzoon van de hoofdrolspeler uit Red Faction: Guerrilla, bevrijdt per ongeluk een groot kwaad op de planeet. Alleen Darius en de mensen van Red Faction kunnen de mensheid redden.