LEGO Marvel Super Heroes bevat een origineel verhaallijn met alle Marvel superhelden en schurken erin. Spelers kunnen kiezen uit Iron Man, Spider-Man, de Hulk, Captain America, Wolverine en nog veel meer Marvel personages.

Spelers bundelen de krachten om Loki en een tal van andere Marvel schurken te weerhouden van het ontwikkelen van een superwapen waarmee de wereld vernietigd kan worden.