Dr. Aidan Krone heeft ervoor gezorgd dat hij de eerste was die een sprong maakte door het tijdruimte-continuum. Een roekeloze daad met angstaanjagende gevolgen. De megalomane natuurkundige bevindt zich nu in een alternatieve realiteit die hij volledig beheerst. Deze dubieuze toestand is nu uitgegroeid tot een experimentele nachtmerrie.

In deze alternatieve realiteit arriveer je in het grauwe, regenachtige Alpha District. Je wordt verwelkomd als het nieuwste lid van de Occupant Uprising. Deze groep bestaat uit de laatste overgebleven soldaten die weigeren zich over te geven aan het meedogenloze Krone Magistrate. De rebellen zijn zwaar in de minderheid en staan op het punt uitgeroeid te worden... maar dat was voor jij verscheen.

Een storing van je experimentele Beta Suit geeft je het vermogen de tijd te vertragen, stil te zetten of zelfs terug te draaien. Alleen jij kunt deze vaardigheden perfectioneren en de waanzin van Krone een halt toeroepen. Sluit je aan bij de strijd en leid de opstand naar de overwinning.