In Gears of War 3 vecht je als speler verder als Marcus Fenix, de grijsharige oorlogsheld en leider van Delta Squad. Achttien maanden na de val van de laatste mensenstad raast de oorlog tegen de Locust door.

Ondertussen infecteert diep onder het oppervlak een afschrikwekkende nieuwe dreiging de planeet van binnenuit. Met hier en daar overlevenden en een beschaving in puin raakt de tijd op voor Marcus en zijn kameraden terwijl ze vechten om het menselijk ras te redden.