Wanneer een overplaatsing van een gevangene misgaat, komt Batman oog in oog te staan met een leger van zijn ergste vijanden. Dit alles door de schuld van de Joker. Batman: Arkham Asylum laat de speler het beruchte gebied Arkham Asylum in Gotham City verkennen.

"The Arkham Asylum for the Criminally Insane" is een beroemd psychiatrisch hospitaal in Gotham City. In deze faciliteit worden de vijanden van Batman in gevang geplaatst. Dit opent de mogelijkheid om vele vijanden in het spel te stoppen. De Joker is gevangen genomen door Batman en wordt naar Arkham Asylum gebracht. Aldaar heeft de Joker een val gezet, en zo ontstaat er een gigantische chaos die Batman recht moet breien.