Endless Ocean 2 is net als de voorganger een realistische duiksimulator die spelers uitnodigt om oceanen en rivieren vol prachtig zeeleven te verkennen. Naast het ontdekken en verkennen van de meest prachtige onderwateromgevingen is het verhaal uitgebreid met meer missies en wel zes nieuwe omgevingen.

Er is dit keer een kans dat haaien en gevaarlijke dieren de speler kunnen aanvallen, dus de verkenningstochten zijn een stuk spannender en avontuurlijker geworden. Nieuw is ook de grotere diversiteit aan gebieden en dieren; de speler kan zelfs op eilanden klimmen om ook de vogels en landdieren die hij hierop aantreft aan zijn logboek toe te voegen.