Om het kwaad te verspreiden heeft de slechte Plankton een diaboliesch plan uitgewerkt. Hij heeft een robotleger gecreëerd met behulp van zijn nieuwe verraderlijke Duplicatotron 3000. Het enige probleem is dat hij is vergeten om de schakelcentrale "gehoorzame plankton" in werking te zetten en nu heeft hij een leger van oncontroleerbare robots in Bikini Bottom. Het lot van Bikini Bottom en waarschijnlijk de hele wereld zijn in handen (of kleine tentakels) van drie onverwachte helden. Speel met Sponge Bob, Patrick en Sandy in hun moedige kruistocht om het duivelse plan van Plankton te stoppen...