Commander Pierce en Colonel Windsor van de Anglo Isles zijn misleidt en geloven dat de Solar Empire een allesvernietigend superwapen aan het ontwikkelen is. Daarom starten zij een preventieve aanval op de Coral Atolls waardoor de wereld wederom in een grote oorlog verzeild raakt. Je rijdt in tanks, commandeert schepen, bestuurt vliegtuigen en leidt je troepen naar de kern van de actie in dit tweede deel van de Battalion Wars-serie.

Battalion Wars 2 bevat zes verschillende rassen, vijf verschillende gebieden en nieuwe eenheden voor iedere factie. Zo zijn er vijf verschillende marineschepen waaronder het Fregat en de Onderzeeër.

Belangrijk in Battalion Wars 2 is het combineren van de verschillende soorten eenheden: te land, ter zee en in de lucht. Je eenheden kun je ontwikkelen vanuit bedrijfsgebouwen die je moet innemen. Vanaf een landkaart kun je je troepen bevelen geven.