Het verhaal en de gameplay van Pokémon Crystal is grotendeels hetzelfde als in Gold en Silver, maar met nieuwe functies. Het is de eerste game die spelers toestaat om het geslacht van hun personage (in het Engels: character) te kiezen, terwijl eerder het personage altijd mannelijk is. Pokémon hebben geanimeerde sprites, bijvoorbeeld wanneer een Cyndaquil een gevecht aangaat, flikkeren de vlammen op zijn rug. Deze functie keerde terug in Emerald, Diamond, Pearl en Platinum. Daarnaast werden een paar verhaallijnen toegevoegd: een met de legendarische Pokémon Suicune, te zien op de voorkant van het spel, en de andere met betrekking tot de Unown. De grootste toevoeging van het spel is de Battle Tower, een nieuw gebouw, waarin de speler deelneemt in Pokémon Stadium-achtige gevechten.