Naruto: Uzumaki Chronicles 2 is een actie-adventure gebaseerd op de populaire mangaserie Naruto. Het verhaal gaat net als in de mangaserie over Naruto een jonge ninja gehuld in een oranje overal die diep in zich de kracht van de Nine-Tailed Fox Spirit heeft verborgen.

Het spel speelt zich af in een 3D wereld waar je aan de hand van missies het verhaal volgt over de Hidden Leaf Village en de omringende dorpen. Deze dorpen moet beschermd worden van een kwaadaardige kracht die alles wil overnemen.