Tom Clancy's Ghost Recon Advanced Warfighter 2 gaat verder waar het eerste deel was gebleven en plaatst jou commando van de U.S. militaire elite, the Ghosts. In het jaar 2014, is er een conflict tussen Mexicaanse loyalisten en rebellen waardoor Mexico in staat van burgeroorlog is.

Onder het commando van Kapitein Scott Mitchell, worden de Ghosts opgeroepen om deze onmiddelijke dreiging voor de U.S. uit te schakelen. Het lot van de U.S. en Mexico ligt nu in jou handen. Uitgerust met de meest moderne wapens moet het jou lukken de dreiging te elimineren.