In Bee Movie, gebaseerd op de gelijknamige film van DreamWorks Animation, kruipen spelers in de rol van de bij Barry B. Benson. Deze bij komt er op een dag achter dat dieven de honing uit hun korf hebben gestolen en het is dan ook Benson zijn taak om de honing terug te vinden. Tijdens de vijftien missies vlieg je door New York waarbij je zo goed mogelijk objecten moet ontwijken en moet oppassen voor de mensen die jou willen uitschakelen.

Later in de game krijg je ook de mogelijkheid om als mens te spelen, waarbij je achter de bijen aanzit met hulpmiddelen als een super camera en de Pollinator. Terwijl je vliegt door New York kun je met beide personages verschillende minigames doen. Zo zijn er minigames waarbij je tegen het verkeer in moet vliegen, of over een tennisbaan waar je de tennisballen moet ontwijken. Later zul je ook verschillende voertuigen krijgen waarmee je je nog sneller kunt verplaatsen.