Drie lange jaren zijn verstreken sinds Spyro en Cynder kwamen vast te zitten in het kristal. Sindsdien heeft Malefor zijn kwade krachten losgelaten op de wereld. In dit derde hoofdstuk van de heldentrilogie, Legend of Spyro, moet Spyro zijn bestemming volbrengen en het opnemen tegen de Duistere Meester.

Terwijl het kwaad zich over de wereld verspreidt, moeten Spyro en Cynder nieuwe mogelijkheden aanboren en hun werkelijke krachten ontketenen om Malefor te verslaan en te voorkomen dat hij de wereld vernietigt.